不少网友在看完节目后，认为节目剪辑毫无高潮可言，尿点频出。对此，王征宇表示，目前这种情况也是节目形态所决定的，“目前，在第一集中四个家庭是没有交集的，是要反映不同的爸爸和孩子在家庭生活中的样子。因为每个爸爸的类型和风格都不同，所以有的家庭戏会多一点，有点就比较平淡。”
此外，王征宇还透露，“每个家庭都有六到七个隐蔽摄像头或遥控摄像头来拍摄，素材量非常大，导演组的工作非常辛苦。在后期，我们会安排几个家庭会有交集，在剪辑上也会吸取网友的意见，继续改进。”
争议3：吴尊女儿洗澡镜头引争议
节目争议的核心话题是吴尊带着三岁半的女儿小neinei出镜，为女儿洗澡。镜头中数次给到三岁半的小萝莉洗澡，虽然节目方贴心的用树叶做马赛克的遮挡，但仍露出了胸脯，甚至是部分臀部。
这引发了不少微博网友的批判，“这也拍？毕竟是女孩子啊！节目为收视率无底线无节操了！”“人家洗澡就不要拍了好吗？好歹也是女孩子啊！”很多人表示担心，现场的摄影师和剪辑师会不会看到，并为小姑娘将来担心，“录这个干嘛？吴尊也够奇葩的，这也让摄影师拍。”“人家一个女孩子怎么还拍她洗澡，你让她以后长大看见是什么感觉？”
对此，王征宇表示，节目中所有的内容都是经过明星本人认可的，之所以要拍洗澡，一是这本身就是明星与孩子互动的日常生活之一，另外，导演组在选取素材的时候，也是考虑到洗澡的内容能够反映80后父亲的囧状，是比较有内容和比较能反映问题的情节，没舍得剪掉不过。不过，王征宇最后表示，“导演组已经看到网友反应这个问题，会接受意见，在25日26日的重播，这些有争议的镜头都会进行删减。”
争议4：贾乃亮表演性质重
节目中，贾乃亮给女儿包饺子的内容，被不少网友批表演痕迹太重。对此，王征宇表示，“《爸爸回来了》节目有两个准则，一是妈妈必须不在家，二是导演组不做任何设计，没有编剧、没有脚本，完全是真实纪录爸爸和孩子的原生态家庭生活。明星在节目中做了什么，完全是他们自己的决定，本来计划今天要做什么就做什么，我们只是纪录，不做任何设置。对于亮亮而言，他真的没有什么经验，他在发布会的时候聊过，他觉得小璐带孩子辛苦，希望通过这个机会培养自己，也想试试自己有没有天分和能力。虽然不太做得好，但也不想别人帮忙，这也是他希望展现给孩子的初衷。”
