2013年9月7日，方舟子发起活动鼓励网友品尝转基因玉米，方舟子声称“应当创造条件让国人可以天天吃转基因食品”。对此，崔永元回应：转基因食品，你可以选择吃，我可以选择不吃。你可以说你懂“科学”，我有理由有权利质疑你懂的“科学”到底科学不科学。
随后崔和方在网上展开了长达六个月的关于转基因的论战。
崔永元的关于转基因的评论在互联网上受到了相当一部分人的嘲笑。有人说他“科盲”、“文傻”，一篇财经网的专栏文章《小崔考察转基因哪里出了问题？》流传甚广，“崔没有能成功证明转基因‘危害’。他只是证明了一个聪明人在采用了错误方法论后，能够在谬误的道路上走多远。只是证明了当你的目标是北方，你向南出发能走多远？”
在这些人眼里，崔永元是一个完全不懂得科学体系的落伍者，一个挑战大风车的堂吉诃德。
这些争论使人不由得回想起1996年，那一年的3月16日早晨，崔永元在电视上第一次以主持人身份出现，一时间，讨伐之声不绝于耳。一封信这样写道：“我们全家互相问，中央台怎么了，欺我中华无人吧。姓崔的，你要知趣，该干什么干什么去，没听说又要‘严打’了？”这封信来自北京。崔永元曾经在自传《不过如此》当中讲过这段经历，“后来，兰州、西安、银川、苏州等地观众相继用不同方式表达了类似的观点。”
对于形象的攻击只是一方面，“人身攻击小意思。我们当主持人的时候，网络没有这么发达，都是写信。写信写难听话的多得很，最早是我们的编导不让我看，他们先看一遍，专拣好的给我看。后来慢慢地就让我看，后来就我自己拆。天天什么都会看到，看到就会生气。”
崔永元有个大学同学叫时间。崔永元18岁时就开始失眠，第二日上午的课往往也上不了。而时间一般上午的课也不出现，于是，他们便常在公共洗漱间里相遇。巧的是，二人的家也都在部队大院，久而久之，便有了互相串门的交情，等到崔永元去了央广。时间早期在央视做专题片时，崔永元便是他的智囊。
时间当了《东方之子》制片人后，崔永元有次探班，他帮一位老挨时间骂的老同志找选题。老同志发现，崔永元在报纸上勾出的“要找的人”，篇幅都不大。崔永元说，这可能就是你的问题了，我们是要找值得采访的人，并不是这人上了两个版，你再去追他；好的线索，一行字就够了。
